有机耕作主要有以下方法:不使用化学物质进行植保,在适应的植物轮作上尽量少选用易受感染品种,选择合适的品种并用物理方式管理,如中耕和燃烧除草,不使用易溶解的矿物质肥料,主要使用有机的含固体氮成分的粪类或复合肥,利用固氮植物(豆科植物类)环保施肥,并且使用缓慢见效的天然肥料,通过集中腐殖质管理保持土壤肥沃,使用多种植物轮作或间作进行多样和长期的植物轮作,不使用对生长有调控和激素作用的合成化学物质。保持有限的,务必与土地关联的储存密度,使用农作物秸秆或青饲料饲养动物,如果可能,几乎不购买饲料,尽量少用抗生素。